In the Beginning Was the Word

Sowohl die Träger als auch Noble Red sind über die Mondbasis Marduk verteilt und müssen sich mit ihrer automatischen Verteidigung auseinandersetzen. Währenddessen führt Marias Relikt sie und Tsubasa zu Marduks Kern, ob sie mit einem Betriebssystem sprechen, das auf dem Geist von Enki basiert. Enki enthüllt, dass Shem-Ha sich allen Menschen ein Datenfragment eingeflößt hatte, was ihn zwang, sie mit dem Fluch von Balal zu versiegeln, den Shem-Ha nun zu zerstören versucht, um die gesamte Menschheit mit Yggdrasil zu kontrollieren. Tsubasa und Maria werden von Millaarc konfrontiert, die einen Klon von sich selbst benutzt, um gegen sie zu kämpfen, aber die beiden benutzen ihre einheitlichen Lieder und Amalgame, um sie zu besiegen. Zurück auf der Erde beginnen jedoch Yggdrasil-Türme, sich überall auf dem Planeten zu erheben.